では東京大学はいつ特権的な存在になったのでしょうか。それは文部省の大臣に森有礼が就任し、明治一九年（一八八六年）に帝国大学令を発したことによっています。

司法省の法学校や工部省の工部大学校などが東京大学と合併し、「帝国大学」が成立します。「東京帝国大学」ではありません。日本全国に帝国大学はこれ一校しかないのですから、わざわざ「東京」と入れる必要もなかったのです（帝国大学が東京帝国大学と改称したのは、京都に第二の帝国大学ができた明治三〇年）。

これにより帝国大学は唯一無二の高等教育機関となり、大きな権威を帯びるに至りました。森はまた同年に師範学校令、小学校令、中学校令などを公布し、明治維新以降しばしば揺れ動いてきた学校制度の安定化に寄与しました。

一方、新時代に欠かせない洋学を学ぶ学校である開成所（そして大学南校、南校と改称したわけですが）では徐々に生徒の学力が向上し、明治六年（一八七三年）にふたたび開成学校の名となり、専門学校（これについては後述）レベルの教育がなされるようになります。そして専門学を学ぶ生徒と語学を学ぶ生徒が分けられて、後者のための学校として東京外国語学校が分離独立します。

これが二葉亭四迷の学ぶことになる学校です。

明治七年、開成学校は東京開成学校と名を改め、三年の予科も設けられます。予科は小学校卒業後の中等教育機関、それを終えた後の東京開成学校は高等教育機関という位置づけになったわけです。