舞台は北海道・根釧原野。
かつてよりアイヌ民族から「コタンコロカムイ（村々の守り神）」と慕われてきたシマフクロウは目を疑った。
突然、見たこともない人間たちが押し寄せて、自分たちの住処である森林を伐採し、木々の刈り取られた大地には次々に牛が放たれていったからだ。
時代の流れとともに酪農が拡大し、人間たちのみかけの暮らしがよくなった一方で、シマフクロウとサケの母なる川・ニシベツ川は汚染されてしまった。
この現実を目の当たりにしたニシベツ実業高校・酪農科と水産科の生徒たちは、互いに意見をぶつけ合いながら、問題解決に向けて奮闘する。
実際の調査をもとに描かれた、地域社会の未来を切り開こうとする若者たちの成長物語。