ところで、大政奉還はなされても、広大な領地を持つ徳川家そのものは健在だった。倒幕派にとって、このままでは政権の実態が変わらないこととなる恐れがあった。事実慶喜の頭の中にあったのは、自分を首班とする雄藩連合政権であったようである。
一方、政権の返還を受けた朝廷も、従来の摂関政治では幕府に代わって国政を担当することはできそうになかった。幕府でもなくこれまでの朝廷でもない新しい政府が必要だった。
12月9日、薩摩、土佐、安芸、越前、尾張の5藩兵が御所を囲む中で、岩倉具視らによるクーデターがあり、それまでの摂政関白や征夷大将軍の制度は廃止され、総裁、議定、参与からなる新たな政府が樹立された。摂政二条斉敬は追われ、有栖川宮熾仁親王が総裁となった。三条実美たち公卿や長州藩の罪はその前に赦された。
さっそく9日の新政府の最初の会議では、徳川慶喜について、新政府への慶喜の参加を求める豊信や慶永と、これに反対し、参加の前にまず慶喜が領地を朝廷に返還すべきであるとする岩倉や大久保利通との間で激しい応酬があった。結果は岩倉らの意見が通り、慶喜に領地返還のことが伝えられたが、これを知った慶喜の部下たちは激昂、新政府側と衝突しかねない状況となった。
このため慶喜は12日、兵を引き連れて二条城から大坂城へ移った。しかし、状況は必ずしも岩倉や西郷たちに有利なものではなかった。旧幕府側は大坂で強大な武力を誇示していた。多くの藩が政権から外された慶喜に同情的であった。徳川だけに領地の返還を求めることへの疑問も呈せられ領地の返還はうやむやになりそうになった。
しかるべき地位での慶喜の政権への参加も実現しそうになった。そこに、江戸での旧幕府側による薩摩藩邸焼討ちの話が伝わってきた。西郷は、旧幕側を挑発して戦闘に持ち込むべく、江戸の薩摩藩邸に浪士を集め、江戸の内外で乱暴狼藉を働かせていたが、挑発に堪え切れなくなった旧幕側は、12 月25 日、江戸市中の治安を預かっていた庄内藩などに薩摩藩邸を襲撃させたのである。
この報せに、慶喜の部下たちの薩摩藩に対する敵愾心はいやがうえにも高まった。「薩摩を討つべし」の声を、慶喜も抑えきれなくなった。ちょうどその頃、慶喜は領地の返納に関して上奏すべく上洛しようとしていたが、上洛の目的は「討薩」の上奏に変わってしまった。
薩摩側でも、焼討ちの報せは、西郷たちが藩論を旧幕府側との武力対決に統一するのに役立った。かくして、慶喜上洛の先鋒部隊が大坂を出発、1868年、慶応4年、1月3日、鳥羽伏見で薩長軍の挑発に乗り戦闘を始めることになったのである。
